Desde su introducción en el año 2000, el instrumento MassArray (anteriormente conocido cómo Sequenom) ha sido ámpliamente utilizado en diferentes aplicaciones en el área de la genómica. Ámbitos de estudio cómo: el análisis genético rutinario para el análisis de SNPs (single nucleotide polymorphisms), estudios de ligamiento (linkage) y recientemente en estudios de asociación del genoma completo se han beneficiado de la tecnología MassArray.
En definitiva, Agena bioscience nos ofrece una solución eficiente, escalable al análisis masivo y un genotipado de SNPs asequible.
- MassArray, una plataforma capaz de analizar cientos de mutaciones en cientos de muestras
- Principales características del sistema
- El primer paso: diseñar nuestro experimento
- La magia de los reactivos iPLEX ¿Cómo funciona?
- ¿Es complicada la adquisición de datos y su interpretación?
- Paneles prediseñados de Agena: principales aplicaciones
MassArray, una plataforma capaz de analizar cientos de mutaciones en cientos de muestras
Agena, nos permite analizar una amplia variedad de biomarcadores utilizando diferentes tipos de muestra. Este material de partida puede ser
: sangre, plasma, raspado bucal o incluso tejidos fijados en formol e incluidos en parafina. Con tan solo 5 ng de DNA podemos iniciar nuestro experimento.
El genotipado de SNPs utilizando la plataforma MassArray combina la robusta capacidad de multiplexar varios SNPs por pocillo y el análisis preciso mediante espectrometría de masas. Esta combinación permite analizar de forma cuidadosa, rápida y productiva cientos de genotipos por día.
Principales características del sistema
La secuenciación de nueva generación (NGS; next generation sequencing) y en general todos los estudios de asociación del genoma han revolucionado el campo de la genética, facilitando el descubrimiento de nuevos marcadores genéticos y contribuyendo de manera significativa a la medicina personalizada.
Sin embargo, estos marcadores candidatos requieren estudios complementarios para validarlos como diagnóstico molecular. La tecnología MassArray está enfocada a aportar soluciones de forma rápida y concisa. Es por eso que los paneles de Agena permiten analizar una combinación de SNPs en un formato de 96 o 384 pocillos.
Además, esta tecnología permite analizar hasta 40 SNPs por pocillo o muestra.
Otra de las principales ventajas del uso de la tecnología MassArray es su flujo de trabajo. La obtención del informe de resultados se realiza en menos de una jornada de trabajo y con sólo 30 minutos de pipeteo. A continuación te lo contaremos con más detalle.
El primer paso: diseñar nuestro experimento
El primer paso para realizar nuestro ensayo es diseñarlo. Utilizando el software Assay Design Suite (ADS) de Agena, podremos diseñar los primers de PCR y de extensión. Tan solo tendremos que aportar los códigos de acceso en formato FASTA. Dependiendo de la complejidad del diseño, cada reacción puede contener hasta 40 marcadores diferentes. Otro factor a tener en cuenta, es que todos los oligos (de amplificación y extensión) no están modificados, lo cual reduce significativamente su coste. De forma alternativa, los paneles prediseñados de Agena ya contienen los primers y reactivos necesarios para realizar el ensayo.
En este webinar te mostramos cuan sencillo es diseñar nuestro propio experimento mediante el software Assay Design Suite de Agena.
La magia de los reactivos iPLEX ¿Cómo funciona?
Una vez diseñados y adquiridos los primer
s de amplificación e extensión, el DNA genómico o el cDNA se amplifica en placas de 96 o 384-pocillos utilizando los reactivos suministrados en el kit iPLEX reagents. Condiciones de la PCR tales cómo: volumen de reacción o condiciones del programa de PCR vienen determinadas por el kit.
Una vez finalizada la PCR, el exceso de nucleótidos se defosforila mediante defosforilación alcalina (tratamiento SAP; shrimp alkaline phosphatase). El siguiente paso del protocolo consiste en la extensión de un solo nucleótido. Es decir, los primers de extensión prediseñados reconocen la zona adyacente al SNP y una polimerasa modificada añade los oligonucleótidos que corresponden al SNPs.
Los productos extendidos (analitos) se desalan utilizando una resina y se transfieren de forma robotizada a un chip llamado SpectroCHIP.
Existen dos formatos de reactivos iPLEX según nuestras necesidades. La gama de productos iPLEX Gold está enfocada al uso en aquellos proyectos que tienen cómo objetivo realizar un genotipado. Por el contrario, el uso de los productos iPLEX Pro está indicado en aquellos estudios en qué se requiere mayor sensibilidad cómo en las aplicaciones clínicas enfocadas al diagnóstico.
¡Utilizando los reactivos iPLEX podrás amplificar, extender y detectar tus SNPs!
¿Es complicada la adquisición de datos y su interpretación?
La respuesta es no. Una vez el SpectroCHIP se carga en el MassArray Analyzer, los analitos se irradian y se ionizan de tal forma que las moléculas cargadas se aceleran en dirección al detector. La separación se produce mediante el tiempo de vuelo de estas partículas, es decir, proporcional a su masa molecular.
Todo el proceso de detección requiere aproximadamente 50 minutos para analizar 384 muestras. En la imagen de la derecha te mostramos cómo luce un espectro completo para un experimento de 36-plex (36 SNPs en un solo pocillo). La separación de tan sólo 24Da permite separar alelos heterocigotos (B) del SNP homocigoto (C).
El software Typer genera de forma automática informes que identifican los alelos para cada SNP (homocigoto o heterocigoto) para cada muestra.
Paneles prediseñados de Agena: principales aplicaciones
Los servicios que ofrece la tecnología MassArray se dividen en tres campos de estudio: oncología y biopsia líquida, farmacogenética e identificación de muestras.
La colección de paneles dedicados a oncología, altamente multiplexados, permiten perfilar una amplia variedad de muestras sospechosas de presentar cáncer. Estos paneles se pueden aplicar a una amplia variedad de muestras biológicas. En esta gama de productos, encontramos los paneles dedicados a biopsia líquida. Si quieres más información, puedes retomar el post en el que te hablamos sobre biopsia líquida y los paneles Ultraseek.
El segundo foco de interés de la plataforma MassArray es la farmacogenética. Este campo de la biomedicina, permite evaluar como un paciente responde al tratamiento. La combinación de esta plataforma junto con el conocimiento de factores ambientales y la heterogeneidad de la enfermedad, permite guiar el tratamiento terapéutico apropiado. Haz memoria sobre todo lo que te explicamos sobre farmacogenética, visitando este post.
Finalmente, la identificación de muestras, es otro de los principales ámbitos de Agena bioscience. El panel SampleID es capaz de multiplexar 52 SNPs diferentes por pocillo y permite detectar problemas en el manejo de muestras biológicas.
¿Tienes dudas?
Si no te queda claro del todo cómo funciona esta tecnología, o quieres que te ayudemos a configurar tu ensayo, nuestro departamento técnico de especialistas, con amplia trayectoria en investigación (todos PhD), te pueden echar una mano: por mail (tecnic@labclinics.com), por tlf +34.934464700 o de forma presencial. Contáctanos y estaremos encantados de poder ayudarte!
2 comentario en “El análisis de SNP mediante la plataforma MassArray de Agena”
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