En la entrada del blog de este mes, queremos presentarte una herramienta importante para administrar todas tus muestras de DNA: el panel de identificación de muestras iPLEX® Pro Sample ID. Este panel proporciona un método rápido y altamente preciso para la identificación y la cuantificación de la calidad de las muestras.
Sigue leyendo para descubrir más detalles de las posibilidades que ofrece este panel de Agena bioscience basado en el genotipado de Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs).
- Errores en el proceso de identificación de muestras
- Características del panel
- Flujo de trabajo para complementar NGS
- Química de los reactivos iPLEX. ¿Cómo funciona?
- Paneles prediseñados de Agena bioscience para la caracterización de muestras
Errores en el proceso de identificación de muestras
Aunque a veces nos parezca imposible, una muestra puede estar mal etiquetada o mal ordenada durante el traslado de un laboratorio a otro. Los flujos de trabajo de los laboratorios incluyen muchos procesos, muchos de ellos con un elevado potencial de riesgo para que exista un mal manejo de las muestras cómo: poyatas y material de laboratorio contaminado, una distracción momentánea al etiquetar o un error al rellenar una hoja de cálculo.
Se estima que aproximadamente un 2% de las muestras almacenadas en biobancos y otros repositorios contienen muestras incorrectamente anotadas. Este tipo de confusión de la muestras podría determinar la precisión de los resultados y el mérito científico de los estudios de investigación traslacional y clínica que se lleva lugar en esos laboratorios.
Además,de forma habitual, los estudios de investigación clínica se realizan a partir de muestras archivadas procedentes de estudios de cohortes, cómo las resecciones quirúrgicas, los aspirados, sangre o plasma. Además, por lo general, estas muestras se recolectan durante muchos años y participan investigadores diferentes. Es por ello que es fácil que varíen las condiciones ambientales de almacenamiento. Esto da como resultado niveles muy variados de degradación y por si fuera poco, la introducción de agentes estabilizantes, como la formalina, afecta a la calidad y la cantidad total de ácidos nucleicos disponible para su análisis. Todos estos factores resaltan la clara necesidad de garantizar la identidad y la integridad de la muestra antes de embarcarse en experimentos de base molecular.
Características del panel
El panel de identificación de muestra iPLEX® Pro Sample ID proporciona un método rápido y muy preciso para la identificación y cuantificación de muestras. Diseñado con más de 50 marcadores en un ensayo de un solo pocillo, el panel presenta una solución rentable para la autentificación de muestras.
El panel contiene 44 SNPs, 3 marcadores de identificación de género y 5 controles para la cuantificación desde 500 hasta 18.000 copias amplificables (1 ng a 60 ng) de DNA.
Los marcadores de género (3 SNPs en total) utilizan secuencias parálogas de los cromosomas X y Y de tal manera que pueden ser co-amplificadas mediante un único par de primers. El producto resultante es identificado según la extensión de un único nucleótido diferente o bien por la inserción o deleción de un nucleótido.
En relación a la cuantificación de la calidad de nuestras muestras de DNA, el panel incluye 5 ensayos de control de número de copias del DNA. Para realizarlo, se utiliza una PCR competitiva para la cuantificación de números absolutos del número de copias.
Para más información, en el siguiente webinar te mostramos las características fundamentales del panel iPLEX® Pro Sample ID:
Flujo de trabajo para complementar NGS
El sistema MassARRAY® proporciona una solución única para la caracterización pre-analítica, así cómo la confirmación de la identificación de las muestras para otros ensayos de biología molecular. El uso de este panel, permite al usuario: autentificar y caracterizar las muestras antes de un análisis de Next Generation Sequencing (NGS), confirmar variantes alélicas de forma ortogonal y analizar la calidad de las muestras.
Química de los reactivos iPLEX. ¿Cómo funciona?
Una de las principales ventajas de la tecnología es su flujo de trabajo, con tan sólo 8 horas para la obtención de datos y únicamente 30′ de proceso manual. Consulta nuestra entrada de blog dedicada a la genotipación de SNPs mediante la plataforma MassARRAY® para obtener más información.
Paneles prediseñados de Agena bioscience para la caracterización de muestras
Los paneles de Agena bioscience están diseñados para ser utilizados con el sistema MassARRAY®, estos paneles permiten obtener información sobre la calidad y la cantidad mínima necesaria de una muestra de DNA antes de realizar un ensayo de NGS.
Si quieres más información, puedes retomar el post en el que te hablamos sobre biopsia líquida y los paneles Ultraseek o bien el post en que te presentamos los paneles de Agena bioscience dedicados a farmacogenética.
¿Tienes dudas?
Si no te queda claro del todo cómo funciona esta tecnología, o quieres que te ayudemos a configurar tu ensayo, nuestro departamento técnico de especialistas, con amplia trayectoria en investigación (todos PhD), te pueden echar una mano: por mail (tecnic@labclinics.com), por tlf +34.934464700 o de forma presencial. Contáctanos y estaremos encantados de poder ayudarte!
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